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转录组+代谢组

转录组+代谢组,基于代谢组和转录组数据,开展表达基因(mRNA),代谢物积累的相关分析。差异积累的代谢物信息可辅助时序表达的众多基因进行“共表达”分析,构建核心调控网络,找出关键候选基因,阐述生物学现象。
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关键词:
转录组
转录组测序
RNA-Seq
mRNA
代谢组
广泛靶向代谢组
1
产品描述

产品简介:

  基因组,转录组,蛋白质组,代谢组等单一组学分析方法为动植物生长发育过程提供丰富的数据信息。但是生命系统是多组分互相联系的有机体,是高度复杂的庞大系统,单一组学的研究只能识别单一的变化,不能发现导致变化的原因,也无法研究复杂生物过程的相互联系。需要从多层次和多因素相互作用的全局性角度进行整合研究,才能完整地认识和揭示生命的复杂生理活动。

  转录组+代谢组,基于代谢组和转录组数据,开展表达基因(mRNA),代谢物积累的相关分析。差异积累的代谢物信息可辅助时序表达的众多基因进行“共表达”分析,构建核心调控网络,找出关键候选基因,阐述生物学现象。

项目流程:

002代谢组+转录组1

信息分析:

002代谢组+转录组2

分析结果展示:

2-转录组+代谢组-官网

研究领域:

  • 植物生长发育机制研究
  • 植物生物胁迫机制研究
  • 植物非生物胁迫机制研究
  • 蔬果花卉色泽营养代谢研究
  • 药用植物功能活性成分通路探究
  • 动物遗传育种
  • 动物营养品质研究
  • 动物疾病研究
  • 肿瘤的发生发展机制
  • 复杂疾病分子机制研究
  • 药物作用靶点及机理研究
  • 胚胎发育研究
  • 环境毒理研究

技术参数:

RNA技术参数

 转录组+代谢组技术参数

代谢组样本要求参考具体代谢组产品

  注:送样时,转录组、代谢组样本混匀后分成两管进行送样,避免后期因为分管导致的样本冻融。

研究思路:

002代谢组+转录组9

期刊:Molecular Plant IF:12.08,发表时间:2020.08.03,研究单位:四川大学生命科学学院

002代谢组+转录组10

研究结论:

  番茄被认为是研究植物次生代谢的模式植物,常见的植物代谢物,如类黄酮、类胡萝卜素、萜类和生物碱,都存在于番茄中,并与其生长习性和果实特性密切相关。尽管对番茄的一些多组学研究检测了营养组织,但大多数研究仍集中在果实品质上。因此,在整个番茄生长周期中发生的代谢和调控网络变化在很大程度上仍是未知的。为了确定番茄生长周期的代谢调控网络和潜在的转录调控,本研究开发了MicroTom代谢网络(MMN),这是一个在不同发育阶段的不同组织的代谢组和转录组数据集,在20组不同的组织和阶段检测了540个注释的代谢物和31,256个表达基因,不仅验证了之前已知的主要代谢调控网络,还鉴定了甾体类糖苷生物碱与类黄酮生物合成过程重要的新的转录因子。利用这个数据集和实验策略可以为鉴定其他作物中重要代谢产物的关键调控因子提供有价值的参考。

参考文献:

  Y Li, Y Chen, Zhou L , et al. MicroTom Metabolic Network: Rewiring Tomato Metabolic Regulatory Network throughout the Growth Cycle[J]. Mol Plant, 2020, 13(8):16.

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