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全转录组测序

全转录组测序,可同时对同一样本中具有编码功能的mRNA和具有调控功能的非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)包括small RNA(以miRNA为代表),长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)进行测序,并对这四者之间复杂的相互作用关系进行分析。
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LncRNA
长链非编码RNA
LncRNA测序
mRNA
全转录组
circRNA
smallRNA
miRNA
1
产品描述

产品简介:

  全转录组,广义层面上的全转录组指细胞中能转录出的所有RNA的综合;狭义层面指mRNA以及具有调控功能的非编码RNA。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用small RNA(比如miRNA)、长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circle RNA, circRNA)。

  全转录组测序,可同时对同一样本中具有编码功能的mRNA和具有调控功能的非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)包括small RNA(以miRNA为代表),长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)进行测序,并对这四者之间复杂的相互作用关系进行分析。

项目流程:

004全转录组测序

信息分析:

004全转录组测序2

全转录组信息分析替换

分析结果展示:

04-全转录组测序-官网123

研究领域:

  • 细胞分化和生长发育研究
  • 调控机理研究
  • 动植物抗性及适用性机制研究
   疾病标志物筛选

技术参数:

004全转录组测序16

研究思路:

004全转录组测序17

期刊:Frontiers in Pharmacology,IF:5.8发表时间:2019.10,研究单位:中南大学湘雅医院

研究结论:

  结直肠癌(CRC)是最常见的恶性肿瘤之一,是全球第二大癌症致死原因。槲皮素(Quercetin, QUE)是一种天然黄酮类化合物的生物活性成分,主要分布在新鲜的洋葱、水果和蔬菜中。近年来研究发现槲皮素可以预防结直肠癌。作者对三组未处理的HCT-116细胞和三组经槲皮素处理的HCT-116细胞进行全转录组测序。这是首次全面报道lncRNA、mRNA、circRNA和miRNA揭示调控HCT-116细胞中QUE介导的凋亡的通路。综上,本研究证实了QUE可以抑制HCT-116细胞的增殖,诱导细胞凋亡。以FC≥2.0,p值< 0.05为阈值,与未处理的细胞相比,在QUE处理的细胞中显著差异表达的总共有240个lncRNA、131个circRNA、 83个miRNA、1415个mRNA。研究结果为CRC治疗的分子基础提供了新信息,而且表明,mRNA和ncRNA(miRNA、lncRNA、circRNA)的全转录组测序分析是一种很有前途的研究抗癌机制的方法。

004全转录组测序18

图1.RNA-seq揭示了HCT116细胞和que处理的HCT116细胞中miRNAs、lncRNAs、circRNAs和mrna的不同表达模式。

 

004全转录组测序19

图2.lncRNA-miRNA-mRNA的相互作用网络

参考文献:

  Zhang Zheyu,Li Bin,Xu Panpan et al. Integrated Whole Transcriptome Profiling and Bioinformatics Analysis for Revealing Regulatory Pathways Associated With Quercetin-Induced Apoptosis in HCT-116 Cells.[J] .Front Pharmacol, 2019, 10: 798.

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